南京農業大學基本上有三個校區: 衛崗校區、浦口校區和珠江校區

衛崗校區：是南京農業大學的本部。大部分的本科院系（工學院除外）以及研究生院。

浦口校區：只有工學院。

南京農業大學(衛崗校區)地址：南京市玄武區衛崗1號。

南京農業大學(浦口校區)地址：江蘇省南京市浦口區點將臺路40號。

此外，在衛崗校區往東有一個柳營校區，是成人教育學院。

在浦口校區附有南農大的農場,應該就是南農大的珠江校區。

只要你報考的不是工科專業，都會到衛崗校區的，其坐落在紫荊山下，東鄰南京理工大學，南靠南京航天航空大學。到新街口（5路、51路）、夫子廟（4路、49路）、湖南路（52路）、南京火車站（36路）都有直達車，非常方便的。浦口校區在南京長江大橋以北，上街的話要轉車。